Kościół w Mogilanach został pierwotnie wzniesiony na początku XVII w jako budowla murowana, jednonawowa. Następnie przebudowano go w okresie międzywojennym (1929 r.) według projektu znanego krakowskiego architekta Franciszka Mączyńskiego. Na miejscu dawnego prezbiterium wzniesiono nowe, przecięte transeptem (czyli nawą poprzeczną) i otoczono obejściem. Bryłę kościoła nakryto dwuspadowym dachem z dwiema wieżyczkami. W północnej części, po lewej stronie głównej nawy, znajduje się wejście do wzniesionej na planie kwadratu kaplicy pw. św. Mikołaja Biskupa.Kaplica przykryta jest kopułą z latarnią i reprezentuje popularny w Małopolsce typ kaplic kopułowych, które wznoszono na podobieństwo kaplic grobowych ostatnich Jagiellonów. Przed wejściem do świątyni, po prawej stronie, znajduje się neogotycka dzwonnica z 1850 r. w postaci wysokiego muru z trzema arkadami.
Najcenniejszym artystycznie obiektem kościoła jest drewniany, wykonany w kształcie serca, główny ołtarz Chrystusa Ukrzyżowanego, stojący w centralnym punkcie prezbiterium. Przedstawia Pana Jezusa wiszącego na krzyżu oraz stojące po bokach postacie Matki Boskiej Bolesnej i św. Jana Ewangelisty. Co ciekawe, figura Chrystusa powstała około roku 1700, a figury Marii i Jana w 1. poł. XVI w. Ołtarz jest bogato zdobiony dekoracją z motywów roślinnych, w którą wkomponowano siedem aniołów trzymających rozwinięte banderole z ostatnimi słowami wypowiedzianymi przez Chrystusa na krzyżu. Ta rzadka dekoracja wskazuje na powstanie ołtarza w krakowskim warsztacie na przełomie XVII i XVIII w. Zaakcentowany motyw serca mówi o związkach z kultem Cordis Jesu (Serca Jezusa), który rozwinął się we Francji w 2. poł. XVII w., a w Polsce krzewili go Jezuici i Wizytki, wspierani przez biskupów krakowskich.
Przestrzeń prezbiterium zamknięta jest u góry, rozświetloną dużymi oknami, półkolistą ścianą, na której w latach 1954-1955 Tadeusz Brzozowski wykonał techniką temperową polichromię. Przedstawia ona dwie sceny z Ewangelii: po stronie prawej „Cudowne rozmnożenie chleba i ryb”, a po lewej „Ostatnią wieczerzę”. Obie sceny namalowane są cienką kreską konturową, w bardzo ciepłej, pastelowej kolorystyce. Wartym uwagi dopełnieniem prezbiterium są stacje Drogi Krzyżowej z 1865 r., będące dziełem Tadeusza Konopki.
W nawie głównej, przy ścianie po lewej stronie, stoi barokowa figura św. Ludwika. Dalej, w północnym transepcie znajduje się rokokowy boczny ołtarz św. Bartłomieja Apostoła (XVIII w.). Drugi boczny ołtarz pw. Przemienienia Pańskiego pochodzi z początku XVII w. Jest polichromowany i złocony, wieńczy go wizerunek św. Walentego, a obraz na zasuwie przedstawia św. Franciszka z Asyżu. Po lewej stronie ołtarza ustawiono kamienną chrzcielnicę o czworobocznej podstawie, ozdobionej rozetkami i liśćmi, z początku XVII w., a zatem z okresu fundacji i konsekracji pierwszej murowanej świątyni w Mogilanach. Wiek i pochodzenie tego cennego obiektu dokumentują zapisy z parafialnej wizytacji w 1610 r.
W północnej części kościoła, po lewej stronie głównej nawy, znajduje się wejście do wspomnianej kwadratowej kaplicy pw. św. Mikołaja Biskupa, która obok murów nawy głównej, jest pozostałością wcześniejszego kościoła z XVII w. Znajduje się tu ołtarz z 1. poł. XVIII w. z obrazem Matki Boskiej Częstochowskiej, nad którą umieszczono wizerunek św. Mikołaja biskupa. Stoją tu również dwie XVIII-w. rzeźby – św. Jana Kantego oraz św. Kazimierza królewicza. Na prawo widnieje figura patrona kaplicy.
Na ścianie północnej nawy ustawiona jest późnobarokowa ambona (2. poł. XVIII w.) z obrazem „Chrystusa Dobrego Pasterza” (1777 r.), postaciami Ewangelistów – św. Jana i św. Łukasza oraz rzeźbioną promienistą glorią z Gołąbkiem Ducha Świętego, okolonym chmurami – w zwieńczeniu.
Będąc we wnętrzu świątyni, trudno nie zauważyć pięknych, rozświetlających kościół, witraży przedstawiających postacie świętych oraz sceny biblijne
